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 技术文章
genefirst ATOM-Seq技术概述
点击次数:82 发布时间:2021-01-04

 

genefirst一家专注于传染病,癌症诊断和个性化医学的分子诊断公司。我们为研究人员,临床医生和制药公司提供功能强大,易于使用且灵敏的分子诊断解决方案,以准确诊断和提供安全有效的药物。

 

 

genefirst ATOM-Seq技术概述

 

XCeloSeq文库制备产品采用了获得的GeneFirst突破性技术ATOM-Seq®。这种方法使用一种简单而优雅的化学方法来捕获DNA,原始分子充当引物,其3'端通过聚合酶延伸。

使用ATOM-Seq方法,将分子标识符(UMI)和通用衔接子序列直接并入每个原始样品分子的可用3'端。

 
 

样品DNA或cDNA与衔接子模板寡核苷酸结合

DNA分子退火至ATO的3'末端。

ATO反应

动手时间:  5分钟 


孵育时间:70分钟

退火后,聚合酶以ATO序列为模板延伸原始分子。

使用其ATO模板,聚合酶将分子标识符(UMI)和通用引物位点整合到捕获的分子中。

 
 
 
 

线性放大

动手时间:5分钟

 
孵育时间:35分钟

通用引物用于多轮线性扩增,从而改善了误差校正。这也意味着即使线性产物在有义和反义链靶向富集之间进行划分,所有原始副本都可以在下游反应中显示

 
 
 
 
 
 
 

下游协议

方案时间包括所示的所有步骤,从最初的ATO反应到最终的珠子纯化文库。

 
 
 

靶向cfDNA

协议时间:

总计:5h 40m

动手:1h 20m

输入金额:

推荐:5-50ng

最小:1ng

灵敏度:

等位基因频率: ≥0.1 %

 

靶向RNA

协议时间:

总计:7h 20m

动手:1h 55m

输入金额:

推荐:5-200ng

最小:1ng

既已知又

未知基因融合

检测:

 

全基因组

协议时间:

总计:4h 45m

动手:2h

输入金额:

推荐:5-50ng

最小:1ng

 
 
ATOM-Seq的主要优势

这种独特的方法无需连接,并且通过仅需一个靶标特异性引物进行富集即可与传统的基于PCR的方法区分开。这提供了许多优势,使XCeloSeq特别适合于挑战性临床材料,例如液体活检或FFPE保留的RNA中的无细胞DNA(cfDNA)。

绿色的勾表示技术可以实现的方面。
绿色条表示技术效率低下的方面。
红叉表示该技术不能或不能做到的方面。

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