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​Circulomics SS-100-101-01新版说明书

点击次数:312 发布时间:2019/7/10
提 供 商: 上海起发实验试剂有限公司 资料大小:
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Circulomics是马里兰州的一家生物技术公司,位于IMET的Harbor Launch Incubator内。迄今为止,Circulomics已从NIH和Maryland TEDCO获得近800万美元的资金,用于开发核酸样品制备,microRNA分析和单分子分析的创新平台,这将推动基因组学技术的研究和临床转化,从测序到表达谱分析和生物标志物分析。

Circulomics代理-上海起发

2019年7月​Circulomics SS-100-101-01新版说明书

Short Read Eliminator Kit

货号 SS-100-101-01

 

 

使用方法:

在开始之前,用去离子水稀释乙醇(96–100%),形成70%乙醇洗涤缓冲液。储存所有缓冲器应在室温(18–25°C)下储存。产品使用电路短读消除器套件仅供研究使用

对于所有协议•
eppendorf-dna-lobind管(eppendorf 022431021)推荐用于大多数图书馆准备工作。

 

电路短读消除器(SRE-XS、SRE、SRE-XL)可用于快速高通量选择高分子量(HMW)DNA样品。这种方法可以通过逐渐耗尽长度达10 kb(sre-xs)、25 kb(sre)或40 kb(sre-xl)的短DNA来显著提高平均读取长度(图1)。根据输入样本质量的不同,读取长度N50多可增加10–30 kb。该试剂盒采用与标准乙醇沉淀技术类似的离心程序。他们已经在牛津大学纳米孔研究所(Oxford nanopore minion/gridion/promethion)进行了全面的测试。Pacbio Sequel应用程序的协议将很快发布。

 

 

图1.1%大小的选择DNA的琼脂糖凝胶分离与尺寸截断证明使用尖刺的梯子(THEOMIC科学Gullulter 1 KB加,αSM1334)。输入为50 ng/μl gDNA,使用Nanobind CBB Big DNA试剂盒+20 ng/μl梯子从GM12878细胞中提取。

 

使用的试剂盒的选择应基于所需的尺寸选择性能和输入DNA的质量,如下表所示。只有在适当的量子位DNA浓度下使用合适的质量输入DNA,才能达到规定的回收效率。

如果DNA样本被剪切/破碎、浓度低或需要很高的回收率,则应使用短读数消除器XS试剂盒。短读消除器套件需要高质量的HMW DNA,其中大部分DNA大于48kb。短读消除器XL试剂盒需要非常高质量的HMW DNA,其中大部分DNA大于48 kb。使用质量低于建议的DNA样本将导致回收率低于预期。对于短读消除器XS试剂盒,DNA浓度必须在25–150 ng/μl之间。对于短读消除器和短读消除器XL试剂盒,DNA浓度必须在50–150 ng/μl之间。使用低于建议的DNA输入浓度将导致低于exp。预期回收率。使用高于建议的DNA输入浓度可能会影响尺寸选择性能。DNA浓度必须通过量子比特或皮克格伦分析来确定。由于样品中也可能存在RNA,因此仅使用紫外-可见光谱测量得出的浓度通常会导致低回收率,因为DNA浓度会被高估。DNA样本应在te缓冲液(pH8)、循环缓冲液eb或水中。如果样品缓冲液存在显著差异或含盐量高,则可能会影响尺寸选择特性和回收率。

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