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 技术文章
bacpacresources CHORI-211说明书
点击次数:98 发布时间:2021-02-23

 

 CHORI-211: Zebrafish Tue (Tuebingen) strain (Danio rerio) BAC Library

 

CHORI-211 Tue株斑马鱼Danio rerio BAC库是由Chung Li Shu和Kazutoyo Osoegawa博士在奥克兰儿童医院研究所BACPAC资源的Pieter De Jong实验室中构建的。Gerd-Joerg Rauch博士从6名男性的睾丸中分离出基因组DNA,并用EcoRI和EcoRI甲基化酶的组合进行了部分消化。选择大小的DNA被克隆到EcoRI位点之间的pTARBAC2.1载体中。将连接产物转化入DH10B电感受态细胞(BRL LIFE TECHNOLOGIES)。该文库已被排列到384孔微量滴定皿中,并被网格划分为六个22x22cm尼龙高密度过滤器通过探针杂交进行筛选。每个杂交膜代表超过18,000个不同的斑马鱼BAC克隆,一式两份。图书馆建设得到了分包合同的支持,该分包来自Max-Planck-Institut fuer Entwicklungsbiologie的Robert Geisler博士。他的BAC库中的克隆已用作英国Sanger研究所基于克隆的测序项目以及德国Max Planx研究所的克隆指纹设计项目的一部分。可以使用“内部” Sanger命名法或“外部” NCBI推荐的命名法在各种公共数据库中找到这些克隆。例如,CH211-15B7(NCBI命名法)对应于在第15行和第7列的相交处的微量滴定皿(384孔型)#15中发现的克隆。“内部” Sanger命名法中的同一克隆标记为:“ zC15B7”。从BACPAC资源中心(BPRC,@CHORI)订购克隆时,
bacpacresources CHORI-211说明书

Provisional data for CHORI-211 Zebrafish Tue strain Dani rerio BAC Library:

Segment

1

2

All

Vector

pTARBAC2.1

pTARBAC2.1

pTARBAC2.1

Restriction Enzyme

EcoRI/EcoRI Methylase

EcoRI/EcoRI Methylase

EcoRI/EcoRI Methylase

DNA Source

sperm

sperm

sperm

Plate Numbers

1-144

145-288

1-288

Plate Count

144

144

288

Empty Wells

1314 (2.38%)

1278 (2.31%)

2592 (2.34%)

Non-Recombinant Clones

0 (0%)

41 (0.08%)

41 (0.04%)

Non-Insert Clones

Approx. 648 (1.2%)

Approx. 1404 (2.6%)

Approx. 4104 (3.8%)

Recombinant Clones

53334

52573

103855

Average Insert Size

171 Kbp

160 Kbp

165.7 Kbp

Genomic Coverage

5.4X

5X

10.4X

 

组的。

CHORI-211克隆插入片段大小分布的数据已通过脉冲场凝胶电泳确定。克隆大小分布已以

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